Ptolemaios XII cuôi cùng được phục vị bằng cách trả Aulus Gabinius 10,000 talăng và yêu cầu hắn xâm lược Ai Cập năm 55 TCN. Sau khi đánh bại đội quân ở biên giời của Ai Cập, Aulus Gabinius tiếp tục cho quân tấn công cung điện nhưng lính cung điện đã nhanh chóng đầu hàng trước khi trận đấu diễn ra.[10]

Sau khi phục hồi vương quyền, ông ra lệnh giết chết Berenice II và những người ủng hộ bà. [8] Con gái ông Cleopatra VII cũng trở thành nữ hoàng đồng cai trị với ông.

Trước khi qua đời, Ptolemaios XII chọn Cleopatra VII và Ptolemaios XIII làm vua và nữ hoàng Ai Cập tiếp theo.[8]